一颗陨石坠落到地球的海洋中，造成海水蒸发，大片海洋消失。地球的气候因此出现异常，人类的生存环境不断恶化，地球上的树木枯萎，土地都变成了沙漠。更可怕的是，从那颗陨石中冒出了大量的外星生物异虫，它们有着强大的力量，并开始侵略人类的世界，让人类处在恐慌之中。 为了对抗外敌的入侵，人类组成杰特这个特殊武力组织，并且花费人力物力开发出了假面骑士系统。然而，一些杰特的成员因不满杰特的做法，而选择脱离组织，成立了一个新的组织——新杰特。 杰特和新杰特冲突不断，在一次杰特与新杰特的对抗中，一个神秘的男子天道总司出现了，他拥有变身成为假面骑士甲斗王的强大能力，但却不属于任何一个组织，这让交战双方都感到非常惊讶。 其实在这场纷争背后，有一个可怕的阴谋正在悄悄地进行……

有一颗陨石落到涩谷后，从陨石中出现了不明宇宙生物异虫，它们变成人类的样子生活在城市中，不断杀害人类。为了消灭这些异虫，人类成立了一个秘密组织杰特，该组织开发出了假面骑士系统。 某一天，杰特的实习队员加贺美新，遇到了一名古怪的男子天道总司，他称自己是“行天之道，总司一切的男人”。 就在加贺美新以为自己能得到甲斗王变身器的认可时，变身器却飞向了天道总司，利用甲斗王变身器和腰带成功变身成假面骑士甲斗王的天道总司，他能否凭借自己的力量守护世界呢？而这一切的背后所隐藏的秘密又是什么呢？

终于，所有手表集齐，那一刻到来了…… 王者的诞生，背后隐藏着巨大的阴谋。神秘的组织突然出现，他们自称为历史的管理者。 身份立场的转变，跨越时间的旅行，亲密好友的背叛……庄吾、盖茨、月读、沃兹该何去何从？而他们的所作所为，与未来紧密相关！ 世界会开始崩溃吗？平成时代会被推翻重来吗？ 最大的谜题将会揭开！

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故事以TV版为基础，战斗所剩下的骑士只有六人：城户真司、秋山莲、北冈秀一，浅仓威，雾岛美穗和一位神秘骑士。雾岛美穗成为假面骑士骑士的目的是要杀死浅仓为姐姐报仇，并让姐姐复活。 为了报仇的美穗不理真司的阻止，仍多次与浅仓战斗，却反而令自己陷入危机，当浅仓向美穗下毒手时，龙牙突然出现解救美穗，并以强大的力量将王蛇压倒 ，令美穗成功杀死浅仓。 由于美穗以为是真司救了她，便相约他出来吃东西希望报答他，而真司和美穗的感情亦得以发展，可惜这个美好时刻却被邪恶的假面骑士龙牙破坏。镜中世界的真司假冒真正的真司袭击美穗，美穗与龙牙战斗但处于下风，虽然美穗被真司所救，但最后因伤重而死…

良太郎一行人为了追踪异魔神而回到过去，但他们却不知道自己已经落入了牙王的圈套。当良太郎等人消灭完异魔神并想回到电王号的时侯，却发现电王号已经被牙王所劫持…… 　　众人被迫留在过去，但最坏的情况发生了。良太郎失去了成为电王的所有记忆，桃塔罗斯也因此不能附上良太郎的身体。在机缘巧合下，良太郎遇到10岁时的自己和异魔神齐格，并且在樱井的帮助下，开始了追踪电王号之旅。 　　另一方面，回到江户时代的牙王成功夺得神之列车牙王号，并抓住了追来的良太郎，他坐着牙王号回到了1988年12月26日。 　　在1988年，良太郎恢复了记忆，但却被牙王阻挠而不能变身。正当此时，樱井带救兵出现，而救兵竟是三个不同时间线里的良太郎。于是，四个不同形态的电王同时出现，最精彩的战斗即将展开……

“如果神用六天创造出了世界，我将在六十分钟内破坏殆尽，创造出乐园。”突然出现的神秘男子艾斯 / 假面骑士伊甸，与信仰他的数千名信徒一起，在世界各地引发多起恐怖行动。人们接连崩溃倒下，世界陷入了巨大混乱之中……为了阻止他，飞电或人、不破谏、刃唯阿、天津垓，以及灭亡迅雷站的迅、灭等人站了出来，身为假面骑士，他们一边与敌人战斗，一边奋力追查真相。拥有压倒性强大力量的艾斯到底是什么人？他试图创造乐园，又有什么意图？跨越人类和AI的隔阂，拯救世界！

2018年秋天，在梦想成为王者的18岁主人公面前，时光机突然出现。从时光机中现身的神秘少女告诉他：“我是从2068年过来的。魔王降临未来世界，他让人们饱受折磨，让世界陷入绝望之中”。为了改变未来绝望的世界而来到2018年的少女还对他说：“未来的你，成为了毁灭世界的魔王，时间的王者——时王”。命中注定会变身成为假面骑士时王的主人公，他不是英雄而是未来的魔王吗……他未来的命运究竟如何？这是一个主人公跨越时空，与历代平成假面骑士相遇，为了挽救过去、现在、未来而最终成为新时代王者的故事。

一个倒霉到家的少年野上良太郎，因为意外被不良少年们缠上，也因此无意间捡到了叶奈所遗失的通行证，路上又被异魔神悄悄附身。机缘巧合下良太郎打开了通往时间列车的门，并且遇上了列车员直美却觉得没有异状..... 之后叶奈告诉良太郎关于特异点以及电王的事情，他们遇上了被异魔神附身的不良少年...良太郎与众异魔神共同战斗、搞笑、悲伤的故事就从一句"本大爷登场"展开。

2018年秋天，在梦想成为王者的18岁主人公面前，时光机突然出现。从时光机中现身的神秘少女告诉他：“我是从2068年过来的。魔王降临未来世界，他让人们饱受折磨，让世界陷入绝望之中”。为了改变未来绝望的世界而来到2018年的少女还对他说：“未来的你，成为了毁灭世界的魔王，时间的王者——时王”。命中注定会变身成为假面骑士时王的主人公，他不是英雄而是未来的魔王吗……他未来的命运究竟如何？这是一个主人公跨越时空，与历代平成假面骑士相遇，为了挽救过去、现在、未来而最终成为新时代王者的故事。